Une oeuvre examinée (avec bienveillance) par l'inquisition
La Polyglotte offre aussi huit traités d'Arias Montano, des vocabulaires et grammaires hébraïques, syriaques, chaldéens, etc.
Tout cela en outre dans l'esprit scientifique le plus rigoureux, et l'esprit d'ouverture le plus accueillant: les docteurs juifs et protestants y sont cités, lorsque cela est juste, comme les autorités qu'ils sont, sans qu'interviennent en rien le "négatif" et le "polémique".
D'où les ennuis que connaîtra Arias Montano, en dépit de la protection royale qui jamais ne lui manquera. Des fanatiques et des envieux (il y en a partout), notamment le professeur de langues anciennes à l'université de Salamanque, Léon de Castro, le dénonceront, lui et sa Bible, à l'Inquisition espagnole. La "légende noire" anti-espagnole verra là une preuve nouvelle de l'obscurantisme de la "Contre-Réforme".
En fait le sage Inquisiteur général Quiroga confiera le dossier au très savant et très ouvert jésuite Juan de Mariana. Et ce consulteur du Saint-Office rendra en 1579 son expertise, sous la forme d'une approbation de la Biblia poliglotta regia. Avec cette seule réserve de principe, qui en dit long: "Quoique quelques auteurs, étant hérétiques, n'auraient pas dû être cités par Arias comme des autorités".
Tel fut l'obscurantisme biblique de la "Contre-Réforme". Telle fut, selon notre auteur, sa "sommation à l'esprit humain de s'endormir", sa manière de "tirer sur tout ce qui bouge".

Les rois catholiques soutiennent un mouvement général de réforme de l'Eglise espagnole
Pareilles constitutions réformatrices, pareils synodes les approuvant sont faits courants dans l'Espagne de l'époque. L'Eglise catholique y fait sa réforme. Ainsi connaiton le synode de Talavera, en 1498, où Jiménez de Cisneros conduit la remise en ordre de son immense archidiocèse de Tolède. Ainsi connait-on le synode de Palencia, en 1500, conduit par cet autre prélat pleinement réformateur, Diego Deza. Et ce ne sont que des exemples: dans les années suivantes, la réforme devient générale.
Ce qui est vrai de l'Eglise séculière, l'est tout autant des grands ordres religieux. Le puissant corps de l'ordre franciscain est réformé de fond en comble par le même Jiménez de Cisneros nommé par le pape, le 21 mai 1496, commissaire général à cet effet. Pas moins de douze autres brefs ou bulles pontificaux, entre 1494 et 1503, donnent, à l'initiative des Rois Catholiques (bientôt nommés ainsi pour cette raison), de semblables pouvoirs pour la réforme générale des ordres religieux d'hommeset de femmes, dans toute l'Espagne.
Ferdinand et Isabelle créent auprès d'eux une véritable Direction générale de la réforme religieuse, confiée dès 1493
à l'évêque Martin Ponce.

Erasme s'inspire de la réforme espagnole
Erasme dans "l'Eloge de la folie", s'en prend aux prélats qui défendent leurs privilèges avec l'épée. Manrique prohibe fermement le port de l'épée par ses prêtres. Erasme s'en prend, encore dans l 'Eloge de la folie, aux évêques qui vivent comme des "satrapes". Nous venons de voir l'exemple tout opposé que définit Manrique dans le prologue de ses Constitutions
La Réforme protestante, à travers Erasme, a ainsi une source catholique espagnole. Car les préfigurations que nous venons de noter ne sont pas de simples coïncidences.
Erasme, Hollandais donc sujet espagnol, se couvrira bientôt de l'autorité de Manrique devenu cardinal et Inquisiteur général en 1523, comme archevêque de Séville. Il lui dédiera son Apologie, et la traduction espagnole de son Manuel du chevalier chrétien qui paraîtra revêtu des armes de l'Inquisiteur général [Manrique]. Celui-ci imposera longtemps silence aux adversaires espagnols d'Erasme, refusera d'interdire ou de censurer les oeuvres de ce dernier, dont il sera le correspondant. Tout comme Jiménez de Cisneros, autre champion de la réforme espagnole, l'avait été, qui invita Erasme à venir professer dans l'université qu'il venait d'ouvrir (1509) à Alcala de Henares, pour améliorer notamment les études du clergé.
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